.In Season 1...
...Der eine Bruder ist im Gefängnis und wartet auf seine Todesstrafe, die laut seiner Aussage auf den falschen trifft - der andere Bruder ist draußen aber kann nicht zusehen, wie sein angeblich unschuldiger Bruder hinter Gittern sitzt. Somit macht sich der freie Bruder Michael Scofield (Wentworth Miller) auf zur Bank und überfällt sie. Kurze Zeit später ist er nun bei seinem Bruder Lincoln Burrows (Dominic Purcell) im Gefängnis. Warum? Ganz einfach: da Michael das Gefängnis mit erbaut hat, kennt er es und will mit seinem Bruder Lincoln früher oder später ausbrechen...

In Season 2...
...In Freiheit werden die Geflohenen, unter anderem Michael Scofield und Lincoln Burrows aus Fox River von Captain Bellick gejagt. FBI Agent Alex Mahone (William Fichtner) wird für die Jagd der Gefangenen beauftragt, da Bellick überfordert scheint und soll die Gruppe wieder hinter Gittern bringen. Mit den Kopien von Michael's Tattoo kommt Agent Mahone der Gruppe immer wieder in die Quere und gefährdet Michael's Plan. Es folgt eine aussichtslose Situation nach der anderen und der ein oder andere wird von Agent Mahone gestellt. Währendessen wird Captain Bellick von seinem Amt entlassen und nimmt im Alleingang die Jagd auf Michael und Lincoln auf...

In Season 3...
Die Flucht geht nach Panama. Dort werden Michael, Lincoln, Sara und LJ auf ihrem letzten Schritt in Freiheit von Bill Kim überrascht, den Sarah aus Notwehr erschießt. Michael nimmt die Schuld auf sich und kommt dafür nach Sona ins Gefängnis, ebenso wie Mahone, Bellick und T-Bag. Im Gefängnis, dass von Lechero regiert wird herrscht brutale Gewalt. Jeden Tag müssen Michael, Mahone und Bellick um ihr Leben kämpfen. T-Bag hingegen schleimte sich bei Lechero ein und genießt dessen Schutz.

Von der Company, die Sara und LJ gefangen hält, bekommt Michael den Auftrag mit James Whistler aus Sona aus zu brechen. Michael beginnt einen neuen Plan zu schmieden...